Algunas personas tienen una alergia al gluten y tienen que hacer dietas libres de gluten. A estas personas el gluten les daña la mucosa del intestino delgado, impidiendo una digestión normal. Tras eliminar el gluten de la dieta el intestino vuelve a funcionar con normalidad.

Las personas celiacas tienen una predisposicíon genética, heredada, tienen intolerancia al gluten, y tienen que eliminarlo de su dietas.

Los autistas, pueden ser sensibles al gluten y a la caseína ( una proteína presente en la leche); ambas substancias parece que tienen un efecto opiáceo en ellos.

Otra enfermedad que puede requerir dieta libre de gluten es la dermatitis herpetiforme

Estudios científicos recientes sugieren que existen frecuencias más altas de trastornos psicológicos o psiquiátricos, tales como la esquizofrenia, que se dan en las culturas más consumidoras de gluten. El fenómeno ha sido explicado a partir del mecanismo de acción que determinadas moléculas presentes en el gluten producen en el cerebro.